三条市が開設した避難所の避難者数は、28日午前8時半現在で25避難所の合わせて140人となった。各避難所の避難者数は次の表の通り。
| 東支部 | 第二中学校 | 9 |
| 一ノ木戸小学校 | 7 | |
| 三条商業高校 | 7 | |
| 田島保育所 | 1 | |
| 南支部 | 勤労青少年ホーム | 19 |
| 嵐南公民館 | 2 | |
| 四日町小学校 | 1 | |
| 西支部 | 第一中学校 | 18 |
| 南小学校 | 0 | |
| 島田会館 | 0 | |
| 中北支部 | 中央公民館 | 21 |
| 上林小学校 | 0 | |
| 裏館小学校 | 0 | |
| 体育文化センター | 8 | |
| 井栗支部 | 第四中学校 | 0 |
| 旭小学校 | 1 | |
| 井栗小学校 | 4 | |
| 塚野目保育所 | 0 | |
| 本成寺支部 | 西鱈田小学校 | 2 |
| 総合福祉センター | 26 | |
| 月岡小学校 | 4 | |
| 大崎支部 | 大崎小学校 | 6 |
| 大崎中学校 | 4 | |
| 保内小学校 | 0 | |
| 大島支部 | 大島中学校 | 開設せず |
| 須頃小学校 | 開設せず | |
| 大島小学校 | 開設せず | |
| 栄支部 | 農村環境改善センター | 開設せず |
| 栄北小学校 | 開設せず | |
| 大面小学校 | 開設せず | |
| 下田支部 | 下田保健センター | 0 |
| 大浦小学校 | 開設せず | |
| 飯田小学校 | 開設せず | |
| 計 | 140 | |